Zollikofer: Die Familie zählte ursprünglich zum schweizerischen Patriziat und geht auf Konrad Zollikofer (1365-1443) zurück, der angesehen in Konstanz lebte, wo er Zunftmeister der Metzgerzunft war. Seine beiden Söhne Hans (Johann) Zollikofer und Jos Zollikofer waren 1432 bzw. 1457 im schweizerischen St. Gallen nachweisbar. Jos Zollikofer und die Söhne des Hans von Zollikofer (1395-1471) erwarben 1472 von Kaiser Friedrich III. einen Wappenbrief, ihre Nachkommen erhielten am 19.10.1578 von Kaiser Rudolph II. einen Adelsbrief.
Die beiden Söhne des Hans von Zollikofer (1395-1471), Sebastian Zollikofer (schwarzhaarig) und Ludwig Zollikofer (rothaarig), wurden zu Stammvätern der beiden großen Linien der Familie, der sog. schwarzen Linie (Stammvater: Sebastian Z.) und der roten Linie (Stammvater: Ludwig Z.).
Die Schwarze Linie kam 1552 in den Besitz des Bürgleins auf dem Brühl als Fideikommiss, nannten sich aber, seit Ulrich Zollikofer die Gerichtsherrschaft Nengensberg für sich erworben hatte, die "Nengenbergischen" (Zollikofer-von Nengensberg).
Die von Ludwig Zollikofer abstammende rote Linie trennte sich wieder in 4 Zweige:
1) Hectorsche Linie: von Ludwig II. Zollikofer gestiftet (Linie ausgestorben),
2) Waltherische oder bürgerliche Linie: von Hans Zollikofer ausgehend,
3) Altenklinger Linie (von Zollikofer-Altenklingen; Adelsstand durch Adelsbrief von 1578), Stifter der Altenklinger Linie:
    Georg II. Zollikofer von Altenklingen (1525-08.06.1600), Sohn Georgs I. Zollikofer (1492-1539)
4) Sonnenberger Linie (von Zollikofer-Sonnenberg;  Adelsstand durch Adelsbrief von 1578), durch einen weiteren Sohn Georgs I. Zollikofer

Eine schlesisch-preußische Seitenlinie ging aus von Christoph von Zollikofer (1628-1679), Herr zu Brockhut und Ober-Arnsdorf bei Strehlen in Schlesien, fürstlichbrieg-liegnitz-wohlauscher Geheimer Rat und Obersteuereinnehmer, einem Nachfahren Georg II. von Zollikofer und Altenklingen (rote Linie). Vetreter dieser schlesisch-preußischen Linie waren u.a. der königlich-preußische Generalmajor Friedrich Wilhelm von Zollikofer und Altenklingen (1737-1798), ein Enkel des Christoph von Zollikofer und Altenklingen, und der königlich-preußische Generalmajor Wilhelm Ludwig von Zollikofer und Altenklingen (gest. 1868).